あくまでも形式的
三井総元方であった、三井であったこれはあくまでも形式的なもので、新会社の本社機構の中には、三井傘下全事業の統括機関としての一面を保持するため、新しく「三井総元方」が置かれました。法人格を持たないので、特に資本金なども必要なく、三井総領家の高公氏を議長とし、旧三井物産をはじめ直系主要会社の代表者を理事会の決議で決定するなど、実質的統帥力を持っていました。なお、三井銀行、三井信託、三井生命の金融３社の株式は、その業務の性質上独立する事が良いとされたので、三井家が直接所有することになりました。
三井本社の設立は、昭和15年９月、旧三井物産は三井合名を合併して、納税資金の調達を図りました。